大相撲は、力士が大銀杏などまげ（髷）を結うなどの日本の伝統的・古風な文化の他、土俵上への女性の立ち入りを認めない（春場所は2000年以降、時の大阪府知事・太田房江による知事賞の直接授与が認められなかった）など、男性優位の「伝統」が強く保たれている。その為、一部のフェミニストからは異論の声があがっている。
横綱審議委員会と言う諮問機関や、一部の事務職を外部から採用している以外、すべて元力士（年寄）によって運営され、その閉鎖性は繰り返し指摘される。かつてはおおむね年寄は短命であり、年寄株もむしろ余り気味なのが通例だったが、近年では空き株がほとんどない状況が続いている。結果として年寄株の高騰を招き、「準年寄」制度の導入などで対応したが、それでも数々のトラブルが発生している。なお、準年寄制度は2007年に廃止された。
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小錦、若乃花（花田勝）、曙といった、大関・横綱を務め人気もあった人たちが次々協会を離脱しているのには、芸能界や格闘技、プロレスなど他分野に新天地を求めたい気持ちがあるが、親方になっても日本相撲協会から雇われる身という将来が保証されていない現状であり、そうした先行きの不透明感も一因としてあると言われている。
さらには、伝統に対して対立していた朝青龍に対し多々の問題に関して、日本相撲協会が2007年には2場所出場停止と謹慎という異例の処分を下したことにより日本並びにモンゴルのマスメディアがこの処分を大々的に報道し、騒動となった。